GST pull-down

GST pull-down融合蛋白沉降技术，利用基因重组将带有GST标签的载体插入到目标蛋白A上，Glutathione包裹的磁珠与目标融合蛋白结合，加入细胞裂解液后，具有相互作用的蛋白被融合蛋白吸附，加入过量的Glutathione进行洗脱，洗脱后的样品通过质谱分析法对样品进行分析鉴定。GST pull-down融合蛋白沉降技术蛋白相互作用分析主要是研究体外强烈或者稳定的蛋白质间相互作用；可以鉴定两种已知的感兴趣蛋白质可能存在的直接相互作用；寻找可能与目标蛋白存在相互作用关系的未知蛋白。

除了确认蛋白质之间的相互作用外，GST pull-down融合蛋白沉降技术蛋白互作分析法还可用于表征蛋白相互作用的条件。例如，使用蛋白质结构域截短法进行pull-down法可以对蛋白质相互作用至关重要的功能区域进行确定。此外，GST pull-down融合蛋白沉降技术蛋白相互作用分析法还可用于探索目的蛋白质相互作用的伴侣，将“诱饵”蛋白与混合蛋白溶液或细胞/组织提取物一起孵育。洗涤步骤后，可以通过高通量方法洗脱并对结合的蛋白质进行质谱鉴定。

DNA pull-down

DNA Pull down实验是用脱硫生物素标记特异性DNA探针，脱硫生物素探针可以和偶联在磁珠上的链霉亲和素亲和结合。提取物与磁珠-DNA探针孵育，作用蛋白质分子可以和DNA探针特异性结合；经过洗涤可以将非特异性结合蛋白质去除；用 Western Blot或质谱对产物进行检测分析。DNA pull-down以感兴趣的DNA序列为探针，寻找与该序列结合的蛋白质，最常见的应用是寻找某特定基因启动子区域的转录因子。

RNA pull-down

RNA pull down实验是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验方法之一。使用体外转录将RNA进行生物素标记，并与细胞蛋白裂解液孵育，形成RNA-蛋白复合物。复合物通过磁珠结合后分离，复合物纯化洗脱后通过Western blot验证检测特性的蛋白。若筛选可能结合的蛋白通过质谱实验进行检测筛选。

circRNA pull-down

目前circRNA pull-down技术绝大部分的报道都是基于接口序列附近的互补序列设计探针进行捕获，由于环状RNA和对应序列的高度相似性，仅仅通过接口附近序列设计互补探针很难完全排除来源基因的干扰，有些分子甚至没法设计出理想的捕获探针。

        采用一种标签特异性环状RNA，通过将RNA标签体系引入环状RNA中，通过RNA标签和捕获蛋白的高度特异且稳定相互作用，进行靶分子捕获和相互作用分子的捕获和捕获产物检测。通过circRNA过表达载体引入外源标签，可以非常有效的去除来源基因的背景干扰，使此实验体系中获得的标签特异性环状RNA捕获特异性更强，效率更高。