基因芯片（genechip）（又称DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。

1）基因表达谱芯片

基因表达谱芯片可使科研工作者实现在 mRNA 水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中（如疾病、发育、分化、凋亡等）基因表达变化的信息。包括Agilet基因芯片和Affymetrix芯片。

2）miRNA表达谱芯片

筛选差异表达 miRNA，差异miRNA靶基因预测。包括Agilet基因芯片和Affymetrix芯片。

3）lncRNA表达谱芯片

筛选与特定疾病相关的差异表达lncRNA和mRNA，lncRNA的cis/trans靶基因预测及lncRNA功能调控分析。包括Shbio lncRNA芯片。

4）circRNA表达谱芯片

环状RNA（circRNA）是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构、大量存在于真核转录组中的非编码RNA，也是目前生命科学和医学领域的研究热点分子。circRNA分子的组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征，使得circRNA作为临床疾病的biomarker具有明显的优势。近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用，称之为竞争性内源RNA（ceRNA），即能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。此外，一些内含子类型的环状RNA（ciRNA）会促进宿主基因的转录。为了能够更好地研究circRNA，美国Arraystar公司在首款circRNA芯片基础上迅即升级版本为V2.0。其circRNA来源融合了环状RNA研究的高水平文献，所有cicrRNA都经过了严谨的实验验证，以便于对不同生理及病理条件下的circRNA进行系统的研究。同时我们对所有差异表达的circRNA用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注，这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的进行研究。

5）甲基化芯片

Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片（850K芯片），为研究者提供了一个可靠且经济高效的甲基化分析平台。并为 FFPE 样本的检测改进了 protocol，以获得更可靠和稳定的结果。广泛应用于干细胞研究、肿瘤和其他复杂疾病研究，是目前适合表观基因组全关联分析研究的全基因组 DNA 甲基化芯片。